Escreve-se Madagáscar, com acento agudo na sílaba -gas-, conforme se pode confirmar pelo Vocabulário da Língua Portuguesa (1966) de Rebelo Gonçalves, pelo Vocabulário Onomástico da Língua Portuguesa (1999) da Academia Brasileira de Letras e, mais recentemente, pelo Código de Redação do português nas instituições europeias.

Contudo, também é possível Madagascar, sem acento gráfico, portanto, com acento tónico na sílaba -car, como se comenta no Dicionário Houaiss: «[...]em português o nome grafa-se Madagascar ou Madagáscar: Madagáscar, paroxítona, adotada em Portugal, já se registra nos Lusíadas (X, 137, 8); Madagascar, oxítona, seria preferível pela analogia com numerosos oxítonos em -ar da língua portuguesa, dentre os quais outros nomes de origem malaia, como Zanzibar, Malabar, Macassar, todos pronunciados com acento oxítono.»

Registe-se que, em Portugal, há muito que a forma Madagascar é rejeitada. Em Topónimos e Gentílicos (1941), de Xavier Fernandes, Madagascar figura entre as «formas estrangeiras ou mal aportuguesadas» (p. 65). No Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (1947), Rebelo Gonçalves é perentório: «Proscreva-se Madagascar»(p. 149).