As duas pronúncias estão corretas e ambas se devem a critérios históricos, os quais, no entanto, são divergentes.
Apesar de o Acordo de 1990 suprimir o uso do trema, a verdade é que as palavras em questão podem pronunciar-se no Brasil com u audível1. A razão para a conservação do u etimológico articulado deve-se a opções normativas do Brasil, país que tem, por exemplo, a Academia Brasileira de Letras, instituição que, embora contestada, mantém influência nos usos cultos.
A conservação do u na sequência qu acontece com latinismos não patrimoniais, isto é, que só foram introduzidos no idioma depois do Renascimento ou muito mais tarde. Há, portanto, situações em que a norma no Brasil tem uma interpretação rigorosa, dando preferência ao latim clássico ou até a formas latinas arcaicas – por exemplo, quanto à grafia de úmido, que em Portugal se escreve húmido.
Em Portugal, a sequência qui pronuncia-se geralmente /ki/. Trata-se de pronúncia correta, mais recente, é certo, mas de acordo com tendências que já vêm do período galego-português. Esta opção, sancionada pela norma, não impede que esta recomende a articulação /kwi/ para casos como exequível ou a aceite facultativamente em quinquagenário.
1 Ao que parece, raramente no caso de líquido e liquidação, mas de forma mais corrente quando se trata de liquidação.