A diferença que se estabelece, por exemplo, no Dicionário Terminológico (que se destina a apoiar o estudo da gramática no ensino não superior em Portugal), é a seguinte (atualizou-se a ortografia):

léxico – «Conjunto de todas as palavras ou constituintes morfológicos portadores de significado possíveis numa língua, independentemente da sua atualização em registos específicos. O léxico de uma língua inclui não apenas o conjunto de palavras efetivamente atestadas num determinado contexto (cf. vocabulário), mas também as que já não são usadas, as neológicas e todas as que os processos de construção de palavras da língua permitem criar.»

vocabulário – «Conjunto exaustivo das palavras que ocorrem num determinado contexto de uso.» [em nota, observa-se ainda: «É possível estudar-se o vocabulário de um escritor, mas não o seu léxico, uma vez que apenas aquele se traduz numa lista de palavras utilizadas de facto.»]

A lista de uma determinada área de conhecimento é, portanto, um vocabulário. Neste caso é possível empregar igualmente o termo glossário, «conjunto de termos de uma área do conhecimento e seus significados» (Dicionário Houaiss).