Ambas as sequências estão corretas:

(1) «Um grupo de pessoas tomadas de uma incerteza momentânea»;

(2) «Um grupo de pessoas tomadas por uma incerteza momentânea».

Comecemos por referir que as sequências incluem construções passivas. Nestas construções, o comum é termos o agente da passiva introduzido pela preposição por como no exemplo 1. No entanto, como refere Evanildo Bechara (Moderna Gramática do Português. 2009, pág. 434), este agente pode ser introduzido pela preposição de: 

«Dizemos que o complemento de agente pode vir introduzido pela preposição de, construção mais comum em outros tempos da história do português e ainda usado literariamente; no português contemporâneo, de está praticamente restrito a unidades léxicas que exprimem sentimentos ou manifestações de sentimentos.»

Ora, o exemplo 2. parece enquadrar-se neste contexto, uma vez que incerteza denota um estado de espírito. Vejam-se outros exemplos retirados de textos literários (Corpus do Português de Mark Davies):

(3) «– Sou eu! – repetia, tomado de raiva [...]» (em Amor Agreste, de Manuel da Fonseca)

(4) «Cotejava essas notas iconográficas, tão cruas, tão secas, [...] e sentia-se tomado de um certo terror e mal-estar» (em Galeria Póstuma, de Machado de Assis).