Não me consta que a escrita das siglas esteja regulamentada. Por isso, para esta resposta, regulo-me, entre outras obras similares, pelo Prontuário da Língua Portuguesa de Manuel dos Santos Alves. Distingue entre siglas, abreviaturas e símbolos, que são sempre reduções de palavras.

Informa que, acerca de cada uma destas denominações, «cada um opera quase arbitrariamente tais reduções, o que muitas vezes as torna enigmáticas.» Depois distingue:

1) Sigla. – «Conforme o étimo sigla (sigilo, sagrado) escondia o nome dos pedreiros e a sua corporação, em construções arquitectónicas ou representava a letra inicial empregada nos manuscritos, medalhas e monumentos antigos. Hoje usa-se na abreviatura de certos livros e revistas, em indicações bibliográficas, como no caso singular de acrografia em que uma instituição de qualquer natureza é representada pelas iniciais dos elementos componentes:

ONU – Organização das Nações Unidas

PS – Partido Socialista

PSD – Partido Social-Democrata.»

Antigamente, costumavam-se escrever as siglas com pontos depois de cada letra. Actualmente, não. E há certa vantagem nisto, porque algumas das siglas se constituíram em palavras (acrónimos). É o caso de ONU, transformada em Onu, que se lê /Onú/ e não /Ónu/; INATEL, transformada em Inatel; SIDA, transformada em sida, etc.

2) Abreviatura. – «Redução de caracteres em cada palavra, mantendo-se pelo menos a primeira letra:

A. – Autor

S. – Santo, São

M.E. – Ministério da Educação.»

É obrigatório o ponto, que assinala precisamente que é a abreviação de uma palavra.

3) Símbolo.

– «Vocábulo de sentido profundo e lato, aplicado com menos rigor à química, mas que se manterá. Tais símbolos não são mais do que abreviaturas dos vocábulos latinos, que lhes servem de étimo:

Pb < plumbum – chumbo

Ag < argentum – prata».

E atenção que, ao contrário das abreviaturas, os símbolos não levam ponto.

Quanto ao plural, embora se veja por aí indicado com com um apóstrofo e um S maiúsculo de tipo mais pequeno [SA´s (sociedades anónimas)] é uma grafia errada. Reparemos que, na maior parte das vezes, as siglas correspondem a nomes eles já no plural. Por exemplo:

Os CTT (os Correios, Telégrafos e Telefones)

Os EUA (os Estados Unidos de América)

As SA (as Sociedades Anónimas)

Logo: as CT (as Comissões de Trabalhadores, e não as "CT´s").

Quanto ao critério das maiúsculas/minúsculas, pelo menos nos jornais, a regra é esta: todas maiúsculas quando a cada letra corresponde uma palavra (ONU, Organização das Nações Unidas) e apenas a primeira letra no caso contrário (Renamo, Resistência Nacional Moçambicana). Veja-se nos Textos Relacionados a diferença entre uma sigla e um acrónimo. 

Cf. A Folha,  Boletim da língua portuguesa nas instituições europeias