A expressão «que nem» é bastante antiga na língua portuguesa:

1. «Isto consola que nem o copo de água que a gente, em dias de calma, pede à borda da estrada, quando se leva a boca seca e queimada da poeira!» (Júlio Dinis, A Morgadinha dos Canaviais, 1868, in Corpus do Português).

Trata-se de uma «expressão comparativa (como) usada na linguagem coloquial» (Maria Helena de Moura Neves, Guia de Uso do Português, Editora UNESP, 2003).

Quanto à suposta incongruência da expressão, é possível pensar o contrário, se aceitarmos que a expressão se relaciona historicamente com uma construção consecutiva que, por elipse, fica com alguns dos seus elementos subentendidos (os parênteses assinalam a informação omissa):

2. Ela pula que nem uma guariba. = Ela pula (de tal maneira) que nem uma guariba (pula assim).

A construção ter-se-á fixado (gramaticalização), associando-se-lhe um significado comparativo: «ela pula que nem uma guariba» = «ela pula como uma guariba não pula» (contextualmente, depreende-se «ela pula melhor/mais que uma guariba»). Daqui, a construção ganhou valor superlativo: «ela pula que nem (uma) guariba» = «ela pula muito bem».

Quanto a «que só», o seu valor parece ser simplesmente comparativo, mas a sua origem pode encontrar-se também numa construção consecutiva:

3. Ela pula que só uma guariba. = Ela pula (de tal maneira) que só uma guariba (pula assim).