Este é um assunto discutível, para o qual não há factos rigorosos conclusivos.
Se assumirmos que «tudo» é o sujeito do verbo copulativo «ser» ([nem] tudo é/são ruínas), podemos considerar que «ruínas» desempenha a função de predicativo do sujeito. De facto/fato, se se aplicar o teste para identificação do predicativo do sujeito (proposto na Gramática da Língua Portuguesa, Maria Helena Mira Mateus et al., última edição, pág. 292) temos o seguinte:
(citação)
(i) Pode substituir-se o constituinte com a relação gramatical de predicativo de sujeito pelo clítico demonstrativo invariável -o. (fim de citação)
Assim temos:
[1) Descubra que nem tudo em São Miguel o são. – frase agramatical.]
2) Descubra que nem tudo em São Miguel o é. – frase gramatical.
“Ruínas” é, pois, o nome predicativo do sujeito do verbo nesta frase. Ora, nada é dito sobre a concordância do predicativo do sujeito com o verbo neste tipo de orações (copulativas), a não ser que «Em frases com um verbo copulativo usado impessoalmente [o que não é o caso], a concordância verbal faz-se com o predicativo do sujeito: a) São duas horas; b) Foram meses e meses de seca.» (Gramática da Língua Portuguesa, pág. 291).
Porém, no teste referido em cima, vemos também que a construção "clítico + são" é agramatical, sendo preferível a forma "clítico + é", razão por que parece mais aceitável a gramaticalidade da frase «Descubra que nem tudo em São Miguel é ruínas».
No entanto, como acima referi, os argumentos não são completamente convincentes nem conclusivos.