O constituinte «por professarem uma religião diferente» desempenha, na frase em apreço, a função sintática de modificador do grupo verbal.
Se a frase (1) correspondesse a uma frase passiva, poderíamos colocá-la na forma ativa, o que a frase (2) demonstra não ser possível:
(1) «Os Judeus eram perseguidos por professaram uma religião diferente.»
(2) «*O professaram uma religião diferente perseguia os Judeus.»
Assim concluímos que o constituinte «por professaram uma religião diferente» não desempenha a função de complemento agente da passiva.
A preposição por pode introduzir constituintes com a função de complemento agente da passiva, mas também pode introduzir constituintes com valor de causa em orações que não são passivas:
(3) «Falei com ele por saber que ele estava triste.»
É esta a situação presente na frase em análise. Por esta razão, o constituinte «por professaram uma religião diferente» desempenha a função sintática de modificador do grupo verbal.
Disponha sempre!
*assinala a construção agramatical.