O uso mais antigo da palavra amálgama atribui-lhe o género masculino, o que significa que, de um ponto de vista normativo mais conservador, se pode considerar que o emprego correto é «o amálgama». No entanto, atualmente, aceita-se o emprego da palavra no feminino e pode até dizer-se que esta tendência se expandiu, de tal modo, que hoje amálgama é substantivo que ocorre corretamente quer no género masculino quer no género feminino. Aliás, os dicionários consultados, portugueses e brasileiros, atribuem-lhe os dois géneros, sem indicação de haver contraste semântico entre ambos os usos (dicionário da Academia das Ciências de Lisboa, dicionário da Porto Editora, Dicionário Aurélio, Dicionário Houaiss).
Ainda a propósito de amálgama como substantivo do género masculino, observe-se que é mais frequente este uso em textos do século XIX e da primeira metade do século XX. Com efeito, no Corpus do Português amálgama conta 42 ocorrências com género identificado, ficando o feminino em minoria com 18 ocorrências. Pela análise destes dados, não é possível distinguir contraste semântico entre o uso no masculino e o uso no feminino.
Acrescente-se que, em 1940, o Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa registava a palavra apenas no género feminino. Mas tarde, nos finais dos anos 50 do século passado, um gramático normativista, Vasco Botelho de Amaral, no seu Dicionário de Dificuldades e Subtilezas do Idioma Português, continuava a condenar a atribuição do género feminino a amálgama: «Esta palavra no grego (malagata) é masculina. É erro, pois, escrever ou dizer-se: a amálgama. Correto: o amálgama. Uma amálgama tem dois defeitos: erro de género e... cacofonia. Diga-se – um amálgama.» Mesmo assim, poucos anos mais tarde, Rebelo Gonçalves, um dos principais protagonistas do processo que levou à Convenção Ortográfica de 1945 (o chamado Acordo Ortográfico de 1945), registava a palavra nos dois géneros no Vocabulário da Língua Portuguesa, publicado em 1966. Presume-se, portanto, que, com o tempo, o emprego de amálgama como substantivo feminino se tenha enraizado na própria norma.
Em suma, é legítimo dizer-se que, atualmente, o substantivo em questão pode ser usado nos dois géneros, sem contraste semântico, sendo, portanto, indiferente dizer/escrever «o amálgama» ou «a amálgama».