Os usos de com e por com o verbo confrontar relacionam-se com funções sintáticas diferentes:

1. alguém confrontar alguém com alguma coisa (voz ativa): «O pai confrontou o filho com as notas obtidas.»

2. alguém ser confrontado por outrem com alguma coisa (voz passiva): «O filho foi confrontado pelo pai com as notas obtidas.»

Ou seja, a preposição com introduz um complemento de valor instrumental (a coisa ou situação com que se confronta ou é confrontado alguém) tanto na voz ativa (exemplo 1), como na voz passiva (frase 2). A preposição por introduz o agente da passiva e, por isso, só pode ocorrer numa frase passiva, como se apresenta em 2.