Ambas as frases estão corretas, embora tenham sentidos diferentes devido ao valor aspetual gramatical associado aos tempos verbais selecionados.

Na frase transcrita em (1), o verbo chover, flexionado no pretérito imperfeito do indicativo, traduz um valor aspetual gramatical imperfetivo, ou seja, descreve-se uma situação que é apresenta no seu decurso, sem considerar os limites inicial ou final:

(1) «Eles ficaram na padaria porque chovia.»

Neste caso, a chuva poderá ter começado antes da ação da oração subordinante («Eles ficaram na padaria») e prolongar-se-á para lá desta situação. Podemos inferir que a chuva é o motivo para eles permanecerem na padaria.

Na frase (2), o verbo chover encontra-se flexionado no pretérito perfeito do indicativo e traduz um valor aspetual gramatical perfetivo, ou seja, de situação concluída:

(2) «Eles ficaram na padaria porque choveu.»

A frase pode, assim, indicar que a chuva terá terminado antes de eles ficarem na padaria, mas alguma consequência da chuva os impediu de sair da padaria.

Disponha sempre!