Cumprimento-a, antes de mais, prezada consulente, pelo seu trabalho. Sendo tão próximas, inconfundíveis em muitos casos, cada uma das variantes da língua portuguesa tem especificidades por vezes inesperadas!
Relativamente à expressão em apreço, ainda que o sentido seja futuro, a expressão fica correcta com o uso do presente do conjuntivo. A razão que talvez explique o uso do futuro é, precisamente, o facto de a acção se projectar no futuro.

Gostaria de chamar a sua atenção para um pequeno problema que dificulta a compreensão do exemplo que dá e que pode ter duas interpretações:

Aonde quer que eu ____ (ir), encontra-o sempre.

1 – Se, na frase subordinada – cujo sujeito é o mesmo da frase subordinante – o sujeito é /eu, então o segundo verbo tem de estar na primeira pessoa:
Aonde quer que eu VÁ, encontro-o sempre.

2 – O que está correcto pode ser o verbo da subordinante e, nesse caso, se retirarmos o sujeito – que não precisa de estar expresso – os dois verbos deverão ficar na 3.ª pessoa do singular.

Aonde quer que (ele) VÁ, encontra-o sempre.

Relativamente à afirmação de que a expressão «aonde quer que...», pede o conjuntivo presente, creio que ela deve ser interpretada com algum cuidado. Não é só o advérbio aonde (ou, mais comum neste momento em Portugal, onde) que pode anteceder a expressão indefinida …quer que, implicando o uso do conjuntivo: Tal pode ocorrer em outras situações, em que seja, igualmente, usado um advérbio relativo, ou interrogativo:
O que quer que… O que quer que ele faça, fá-lo bem.
Quem quer que… Quem quer que veja isto, vai gostar.

Uma nota ainda relativamente ao facto de se utilizar sempre o presente do conjuntivo em expressões deste tipo. Isso acontece se o verbo da oração subordinante estiver no presente. Se, porém, estiver no imperfeito, ou no futuro do perfeito (condicional), já não é assim:
Aonde/onde quer que fosse, encontrava-o/encontrá-lo-ia sempre.
O que quer que ele fizesse, fazia-o/fá-lo-ia bem.
Quem quer que visse isto, ia/iria gostar.