Na frase em questão, a palavra bom ocorre como adjetivo, com a particularidade de não concordar com o sujeito da frase, que é «água». Do ponto de vista normativo, trata-se de uma construção aceitável, pela razão que a seguir se expõe.

Seria de esperar que a frase correta fosse «água é boa para a saúde» – e, de facto, é esta uma sequência gramatical. Contudo, o caso de não concordância do adjetivo com o sujeito configura uma situação muito especial, que só se  justifica pela explicação de Evanildo Bechara, na sua Moderna Gramática Portuguesa (2003, pág. 551):

«Com as expressões do tipo é necessário, é bom, é preciso, significando "é necessário", o adjetivo pode ficar invariável, qualquer que seja o gênero e o número do termo determinado, quando se deseja fazer uma referência de modo vago ou geral. Poder-se-á também se fazer normalmente a concordância:

É necessário paciência.

É necessária muita paciência.

"O fato de ter sido precisa a explicação (...)" [AP. 1, 424, n.º 25]

"Eram precisos outros três homens" [AM. 1 apud RBa.1, 33] [...].»

No caso em questão, é possível, portanto, empregar «é bom» sem concordar com água, uma vez que o substantivo ocorre em sentido geral, não específico, como se se subentendesse «beber água é bom» ou «isso é bom».