A forma historicamente mais fiel é abscesso, visto que a palavra é adaptação do latim abscessus, us, «afastamento, ausência, abscesso».

Os dicionários feitos no Brasil recomendam abscesso,  como se pode confirmar pelo Dicionário Houaiss, pelo Dicionário Michaelis e pelo Dicionário Aulete, o qual, embora elaborado em Portugal, se tornou bastante popular no Brasil. Contudo, em Portugal, prefere-se a forma abcesso, «de maior uso», conforme anota Rebelo Gonçalves no Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (1947, p. 31, nota).

Refira-se outro caso gráfica e foneticamente semelhante, o das variantes abscissa, que tem registo dicionarístico brasileiro, e abcissa, que os dicionários portugueses indicam como forma corrente em Portugal.