Relativamente à primeira frase sugerida pela consulente, a forma «elevaram-se em» não se encontra registada, pelo que a segunda proposta, «elevaram-se», sem recurso à preposição em, me parece a mais aconselhável (encontrando-se registada no Dicionário Eletrônico Houaiss da Língua Portuguesa).

Valerá ainda a pena referir que em alguns artigos de jornais de economia de referência, ou em relatórios financeiros de diversos bancos ou sociedades anónimas, é muito comum encontrarmos a formulação «elevar-se a»: «Os resultados líquidos consolidados da Banif SGPS, SA, holding do Banif–Grupo Financeiro, elevaram-se a 54,1 milhões de euros no final do exercício de 2009»; «As perdas da Benfica SAD relativas a 2008/2009 elevaram-se a 34,8 milhões de euros (contra 116 mil euros de lucro no exercício anterior).»

Contudo, em termos gerais, tal formulação apenas se verifica quando se fala em números exactos. Já quando se utilizam percentagens, a opção preferida é, de facto, elevar-se, sem o aditamento de qualquer preposição: «As acções elevaram-se 2% na bolsa»; «os custos directos elevaram-se 13% para 98 milhões de euros» (Jornal de Negócios, 11/11/2008).

Deste modo, e para concluir, a segunda frase proposta pelo consulente, «Os custos da empresa elevaram-se 12%», parece-me a mais correcta. Naturalmente que podemos também substituir a forma pronominal do verbo elevar pelo verbo aumentar, ou seja, «Os custos da empresa aumentaram 12%», sendo esta até a formulação mais frequentemente ouvida.