Tendo em conta que «12%» é um constituinte não seleccionado por nenhum elemento dos grupos sintácticos que fazem parte da frase que nos propõe, considero que se trata de um modificador, neste caso, do grupo verbal.
Repare-se que a omissão do referido elemento («12%») na frase proposta não fere a sua gramaticalidade: «Os custos da empresa elevaram-se (12%).» O mesmo acontece, por exemplo, na seguinte afirmação: «As acções elevaram-se (na bolsa).»