1. O adjetivo submunicipal  é uma palavra não só possível e legítima mas também usada, como ilustra o seguinte exemplo retirado de um documento jurídico-administrativo:

«3 - Todas as iniciativas locais de prevenção, pré-supressão e recuperação de áreas ardidas ao nível submunicipal devem ser articuladas e enquadradas pelos PMDFCI» (Lei 76/201,  Diário da República n.º 158/2017, Série I de 2017-08-17). 

2. A palavra não tem hífen, aglutinando-se o prefixo sub- ao segundo constituinte: submunicipal., tal como acontece com subárea, subdesenvolvido ou subsolo. Com sub-,  só ocorre a hifenização quando o segundo constituinte da palavra começa por b ou h: sub-base, sub-bloco, sub-bosque;  sub-hemisférico, sub-humano (cf. Base XVI do Acordo Ortográfico da Língua Portuguesa de 1990).