Do ponto de vista etimológico, o prefixo vice- marca a noção de substituição, porque remonta ao ablativo latino vice, que significava «em vez de», de acordo com Joan Coromines e José Pascual, no Diccionario Crítico Etimológico Castellano e Hispánico:

«Vice-, prefijo formado con el lat. vĭce, ablativo, ‘que hace veces de’» [= Vice-, prefixo formado com o latim vĭce, ablativo, "que faz as vezes de"»]

A noção hierárquica de «abaixo de» será posterior, conforme o comentário da nota etimológica do Dicionário Houaiss à entrada vice-:

«do latim vice, ablativo de um substantivo feminino vix "vez, sucessão, alternativa", só empregado em dois outros casos do singular: acusativo e genitivo (vicem e vicis), apresentando, no plural, todos os casos, à exceção do genitivo; o ablativo vice, que figurava a princípio em locuções adverbiais (vice versa, mutŭa vice), tornou-se depois, no baixo-latim, um verdadeiro prefixo: vicequaestor, vicequaestura e vicepraefectus; na composição em vernáculo, vice- é atestado desde o século XIV (com as formas bis- e biz-), ocorrendo ainda viz- e viso-; em geral, com a acepção de "em lugar de, que substitui a, abaixo de": vice-almirante, vice-campeão, vice-comandante, vice-diretor, vice-intendência, vice-morte, vice-prefeitura, vice-presidente, vice-rei, vice-reinar, vice-secretaria, vice-tutela, entre outros [...].»

Em suma, do ponto de vista etimológico, a noção de substituição do prefixo vice-  precede a de subalternidade ou inferiorização.