A construção apresentada está correta.
O termo único pode ser usado como adjetivo com o valor de «que é um só»1, como em (1):
(1) «Ele é filho único.»
Não obstante, este mesmo termo pode ser usado como nome / substantivo, com o valor de «pessoa ou coisa singular que constitui a exceção no conjunto em que se integra»1:
(2) «Este livro é o único disponível.»
Assim, na frase apresentada, a intenção é a de referir que existe um grupo de trabalhadores que são exceção (pois cumprem o horário), destacando-se neste grupo três pessoas em particular:
(3) «O Manuel, o Joaquim e o Fernando são três dos únicos trabalhadores que cumprem o horário.»
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