A sua sugestão tem sentido, mas parece-me que o caso em apreço não se resolve tendo em conta uma (simples?) transliteração. Há também certos critérios fonológicos e ortográficos em formas que são aportuguesamento de topónimos estrangeiros. Explico-me melhor:

a) "sekópie" é transliteração possível apenas em português europeu, porque o e átono nessa variedade é de tal modo breve, que muitas vezes cai, permitindo encontros de consoantes: por exemplo, se, entre falantes portugueses, secar soa "scar", então "sekópie" salienta-se como boa transliteração porque soa "scópie";

b) contudo, em português brasileiro (e noutras variedades), a transliteração "sekópie" é estranha, porque a fonologia do português brasileiro, continuando a do português medieval e clássico, impõe a prótese de um e em empréstimos começados por s + consoante: é por isso que Strassbourg é Estrasburgo e não "Setrasburgo", e Stuttgart é Estugarda e não "Seturgarda".

Sendo assim, continuo a achar que Escópie ou Escópia são aportuguesamentos adequados de Skopje.

Quanto às entidades ou instituições que podem intervir na fixação da ortografia da onomástica (incluindo a toponímia), já aqui nos referimos à acção da Academia Brasileira de Letras e da Academia das Ciências de Lisboa (ver Textos Relacionados).