Não parece haver uma grafia a que se possa chamar tradicional. É no Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, da Porto Editora, que encontro duas formas: Skopje, que é a romanização da forma original em cirílico (Скопје); e Skopie, que se insere na lógica de aportuguesamento de termos como stresse, do inglês stress. Tais aportuguesamentos são controversos, porque se considera que na tradição ortográfica portuguesa não existe a sequência s + consoante + vogal, devendo esta ser substituída por es + consoante + vogal (estresse); além disso, apesar de, com o Acordo Ortográfico de 1990, a letra k passar a fazer parte do alfabeto português, há grandes restrições quanto ao seu uso. Daí, duas possibilidades: "Escópie", não atestado, e "Escópia", que de facto ocorre em pesquisas no Google; trata-se, de qualquer modo, de formas que não estão legitimadas em dicionários ou prontuários.