São efetivamente expressões praticamente sinónimas e corretas, que podem ocorrer em contextos como os seguintes:

1 – «Ainda não tinha começado a tomar a medicação que adormente» (Maria Velho da Costa, Missa in Albis, Lisboa, D. Quixote, 1988, pág. 235, citado pelo Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea da Academia das Ciências de Lisboa).

2 – «Refere que já está assim há 3 anos, embora já tenha feito medicação para o problema em causa» (Manuel Maria Gameiro Dias, Intervenção em Enfermagem de Saúde Mental e Psiquiátrica num Centro de Dia do Concelho de Oeiras, Lisboa, Universidade Católica Portuguesa/Instituto de Ciências da Saúde, 2011, pág. 200).

Apesar da relação muito estreita entre significados, os exemplos sugerem que «tomar a medicação» é equivalente a «tomar medicamentos», enquanto «fazer a medicação» (ou «fazer medicação», porque é possível omitir o artigo definido, tornando genérico o valor da expressão) é «fazer um tratamento que inclui medicamentos» – a diferença é, portanto, mínima, mas fica aqui assinalada. Cabe observar que, no caso de «fazer a medicação», não é de excluir a analogia com outra expressão, «fazer o/um tratamento», até porque medicação  vem a ser o mesmo que «tratamento terapêutico» (cf. medicação no Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa).