O Dicionário de Termos Médicos, de Manuel Freitas e Costa, edição da Porto Editora, acolhe medicação, mas não regista medicamentação. Diz que medicação vem «do lat[im] medicatio, -onis», tratando-se de «administração de medicamentos».

O Dicionário Médico, de L. Manuila, A. Manuila e outros, edição da Climepsi Editores, também regista apenas medicação, considerando que é «utilização terapêutica de um ou mais produtos medicamentosos, com uma finalidade bem determinada», a exemplo de «medicação da tuberculose».

O Vocabulário Ortográfico do Português [VOP] do Portal da Língua Portuguesa acolhe as duas formas, medicação e medicamentação, sem indicar preferência por qualquer delas.

A Infopédia regista medicação («ato de medicar», «emprego de remédios» e «terapêutica»), mas nada nos diz sobre medicamentação.

O Dicionário Eletrônico Houaiss regista medicação (do «lat[im] medicatìo,ónis "emprego de um remédio, tratamento de enfermidade"»), e diz que é «ato ou efeito de medicar(-se); medicamentação»; «emprego de medicamentos ou de outros processos curativos, de acordo com determinada indicação ou orientação; tratamento terapêutico; medicamentação»; e (derivação: por metonímia) «o conjunto desses medicamentos». Quanto a medicamentação (de «medicamentar + -ção»), diz que se trata de diacronismo obsoleto («que já não se usa; arcaico, antigo»), e quer dizer «ato ou efeito de medicamentar(-se); medicação».

O Aulete Digital acolhe os dois vocábulos, dizendo que medicação é «ação ou resultado de administrar um remédio» ou «o próprio remédio; MEDICAMENTO: Tomou a medicação conforme prescrição médica», e medicamentação trata-se de «prescrição, aplicação de um meio terapêutico; medicação».

Em conclusão, embora os dois vocábulos sejam aceitáveis, medicação é a forma preferível, dado que se trata daquela que se usa entre os profissionais do setor da saúde, nomeadamente os médicos e os enfermeiros, e é também a acolhida pelos dicionários de medicina.