De facto, as regências verbais trazem muita discussão e diferentes considerações. Inclusivamente, a norma de Portugal e a norma do Brasil têm, nalguns casos, regências diferentes.
Os verbos que são mencionados, e outros, podem ser transitivos indirectos e também directos. O verbo crer também pode ser transitivo directo; por exemplo, na frase «creio-o boa pessoa...», é equivalente a «creio que ele é boa pessoa».
Outro exemplo de transitivo directo (muito usado em poesia): «penso-te...» (= «penso em ti»).
Outro ainda: «não o acredito capaz de tal acto» (= «não acredito que ele seja capaz de»).
Na norma brasileira diz-se: «eles gostam-se» (= «gostam um do outro»).
Na frase apresentada (norma brasileira), «eu penso que você é útil a mim», considero o verbo pensar transitivo directo. A frase que se segue a «eu penso», introduzida por que, é o objecto directo da oração anterior: «eu penso O QUÊ?»; resposta: «que você me é útil a mim.»
Espero ter clarificado um pouco mais este campo linguístico tão discutível.
Nota: Em Portugal costumamos dizer: «ele crê que você o ajudou.» Em casos semelhantes, com outros verbos de características idênticas, costumamos omitir a preposição (por ex.: «ele pensa ir viver para o Brasil»).