As duas opções estão corretas, atendendo aos critérios que defendem cada uma.
Mas, dado que se trata de um coletivo, até se poderia dizer e escrever «obrigados», no plural, ou, revelando preocupações com as questões da igualdade de género, «obrigadas e obrigados» (ou «obrigados e obrigadas»). Para simplificar, nada impede o uso de obrigado, atendendo a que esta palavra já é uma fórmula fixa, ficando de certo modo alheia às regras gerais da concordância. Na verdade, sobretudo neste caso, a ocorrência de obrigado torna-se mais natural do que o emprego de obrigada em referência ao coletivo turma.
Outras soluções para esquivar dilemas:
– recorrer à formulação «o nosso obrigado», ainda mais descomprometida com a questão da concordância, uma vez que aí se usa o nome obrigado, que é do género masculino;
– empregar a fórmula de agradecimento «bem haja», que é corrente no centro de Portugal e também pode aparecer como nome nesta outra fórmula: «o nosso bem-haja».