Em princípio, deveria usar-se Milagres com artigo, uma vez que este topónimo tem origem no plural de um substantivo comum, milagre. Porém, em designações oficiais de órgãos autárquicos, e talvez no intuito de prestigiar a localidade, visto que muitas cidades não têm artigo definido (Faro, Évora, Lisboa, Coimbra, Braga; mas, como contraexemplo, temos «o Porto»), acontece que se assiste a uma tendência para suprimir o artigo nesse tipo de topónimos. Assim se explica que, apesar de eventualmente poder dizer «vou aos Milagres», apareça depois na escrita, em documentos oficiais, em letreiros e outras inscrições, o mesmo topónimo sem artigo: «Junta de Freguesia de Milagres.» Mas, se, para dar o exemplo de uma grande urbe, na própria cidade do Porto se diz e escreve «Câmara Municipal do Porto», não compreendo porque se há de omitir o artigo definido neste tipo de topónimos, historicamente derivados de susbtantivos comuns.