Quando se usa sozinha, a forma súper é nome e adquire acento gráfico: «Vou ao súper» (= supermercado).

Não exibe acento em compostos, mesmo quando separado por hífen: super-homem. Este preceito, que se aplica ao uso prefixal de super- e não foi alterado pelo Acordo Ortográfico de 1990,  encontra-se descrito no Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (1947, p. 151), de Rebelo Gonçalves:

«OBS. — Os prefixos hiper-, inter- e super-, quando ligados por hífen ao elemento imediato, dispensam, apesar de normalmente paroxítonos, o acento agudo na penúltima sílaba: hiper-hedonismo, inter-resistente, super-homem.»