Super-, «posição em cima, excesso», e hiper-, «posição superior, excesso», não são radicais, são prefixos, isto é, afixos «que se associa[m] à esquerda de uma forma de base» (Dicionário Terminológico). Trata-se de prefixos que correspondem a palavras de línguas aparentadas, respectivamente, o latim super e o grego hupér, de significado equivalente e com a mesma etimologia — o indo-europeu *uper-, «sobre». Em português, porém, hiper- é usado como intensificação de super, conforme se lê no Dicionário Houaiss: «[em relação a super] representa, modernamente, um nível quantificador acima, inclusive nos usos ad hoc, reverentes ou pilhéricos (supermulher:hipermulher; supersensível:hipersensível; superexcitável:hiperexcitável). Assim se explica a diferença entre hipermercado e supermercado.
Quanto a mega-, «grande» (Dicionário Houaiss), embora não tenha origem preposicional, aparece também descrito como prefixo por Alina Villalva num dos capítulos que esta linguista dedica à morfologia do português na Gramática da Língua Portuguesa (Lisboa, Editorial Caminho, 2003, pp. 939-965). Tem origem no adjectivo grego mégas, megálê, mega (cf. Isidro Pereira, Dicionário Grego-Português e Português-Grego, Porto, Livraria Apostolado da Imprensa, 6.ª edição, 1984).