Existe a forma biota, «conjunto de todos os seres vivos de uma região» (Dicionário Houaiss), que é palavra dicionarizada como substantivo feminino – cf. Vocabulário Ortográfico do Português do Portal da Língua,  Dicionário da Língua Portuguesa da Porto Editora (disponível na Infopédia) e Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa da Academia Brasileira de Letras. Tem, portanto, toda a congruência atribuir o mesmo género a microbiota, analisável como palavra derivada* de biota.

* É também possível considerar microbiota palavra composta. Cf. A formação de microcefálico.