Trata-se de uma palavra que à sua forma-base – cefálico – acrescenta o prefixo micro-. Celso Cunha e Lindley Cintra (Nova Gramática do Português Contemporâneo, 1984, p. 115) incluem micro- entre os pseudoprefixos1, que na prática se comportam como os prefixos. Esta perspetiva permite, portanto, encarar microcefálico como um derivado prefixal.
Contudo, há também fontes que classificam micro- como um radical que figura em vários compostos; tal é a posição do Dicionário Eletrônico Houaiss (edição de 2001), que regista micro- como elemento de composição: «antepositivo [...] na [significação] original de "pequeno", "curto" (não raro antonimizada com macro- ou mega- e megalo-, "grande", em meio de cujos pólos ocorre, por vezes, meso-, "meio", "médio", como em microcéfalo, "de cabeça pequena ou diminutiva", mesocéfalo, "de tamanho médio de cabeça", e macrocéfalo, "de cabeça grande"); ocorre em vocábulos em geral da terminologia científica, do sXIX em diante [...].»
Refira-se ainda a perspetiva da gramática de Mateus et al. (2003), à qual não é necessário recorrer, pois, embora proponha um tipo de análise dos diminutivos que é válida e adequada teoricamente, não é a praticada nos ensinos básico e secundário de Portugal. Com efeito, o Dicionário Terminológico, que se destina a esses níveis de escolaridade, prevê os derivados prefixais e os compostos morfológicos, mas não contempla a existência de prefixos avaliativos.
1 «Os pseudoprefixos caracterizam-se: a) por apresentarem um acentuado grau de independência; b) por possuirem «uma significação mais ou menos delimitada e presente à consciência dos falantes, de tal modo que o significado do todo a que pertence se aproxima de um conceito complexo, e portanto de um sintagma"; c) por terem, de um modo geral, menor rendimento do que os prefixos propriamente ditos» (Cunha e Cintra, 1984, p. 114).