Sim, ambas as possibilidades são corretas.

O termo «de Araguaína» é tradicionalmente chamado no ensino de gramática no Brasil de «aposto especificativo», pois tem o papel de individualizar, especificar qual é o município. 

Importa dizer que essa preposição é facultativa, de modo que pode ou não figurar no sintagma: «município Araguaína» ou «município de Araguaína».

O mesmo se dá com outras expressões: «o bairro (de) Copacabana», «a cidade (de) Lisboa», «o mês (de) dezembro», etc.

Sempre às ordens!

*Por ser brasileiro o consulente, foi usada na resposta a nomenclatura gramatical do Brasil.