Trata-se efetivamente de um composto morfológico, porque é uma palavra resultante do encontro de dois radicais:  filo + '-sof(o) (este último elemento tem associado um acento tónico que recua até à penúltima sílaba do composto).

Note-se que esta análise é válida no contexto do português atual. Contudo, é preciso também lembrar a história da palavra, a qual está atestada em português, pelo menos, desde o século XIV, muito provavelmente transmitida ao português pelo latim, que, por sua vez, a tinha tomado do grego antigo.* A possibilidade de analisar uma palavra no contexto atual da língua a que pertence é muitas vezes independente da verdadeira história da palavra. 

* O Dicionário Houaiss observa em nota etimológica a filósofo: «[do] latim philosōphus, i 'filósofo, o que cultiva, professa a filosofia', do grego philósophos, on 'amigo do conhecimento', do grego phílos, ē, on 'amigo' e do grego sophós, ḗ, ón 'sábio, instruído' [...].»