Na frase apresentada deve ser utilizada uma vírgula: «Se ele não quer, é porque não gosta.»

A frase em análise é encabeçada por uma oração subordinada adverbial condicional, «se ele quer», seguida da oração subordinante, «é porque não gosta». Nestes casos, no que respeita à pontuação, a vírgula dever ser utilizada para «separar as orações subordinadas adverbiais, principalmente quando antepostas à principal.» (Cunha e Cintra, Nova gramática do português contemporâneo, p. 645).

Refira-se ainda que, em termos semânticos, esta frase inclui uma construção de foco, típica da oralidade, que permite destacar a causa contida na segunda oração. Numa construção simplificada, dir-se-ia:

(1) «Ele não quer porque não gosta.»