A versão correta da frase em questão apresenta-se em (1):

(1) «Na verdade, ficou demonstrado, pela prova documental e testemunhal recolhida na fase instrutória, que este aluno tinha os instrumentos de avaliação, testes de avaliação sumativa, fichas de avaliação e de trabalho exatamente iguais a todos os seus colegas, aos quais não tinham sido aplicadas quaisquer medidas de suporte à aprendizagem e à inclusão, no âmbito da educação inclusiva.»

Em primeiro lugar, deve colocar-se uma vírgula a isolar o segmento «pela prova documental e testemunhal recolhida na fase instrutória». Deste modo, este constituinte ficará delimitado por vírgulas, uma antes e uma depois, o que permitirá distingui-lo do complemento direto do verbo, a oração «que este aluno tinha os instrumentos de avaliação, testes de avaliação sumativa, fichas de avaliação e de trabalho […]».

Por outro lado, a oração subordinada relativa que surge no final da frase deverá ser introduzida pela preposição a, pelo que deverá ter a forma «aos quais não tinham sido aplicadas quaisquer medidas de suporte […]». A utilização da preposição nesta oração fica a dever-se à presença do verbo aplicar, que rege a preposição a. Se procurar transformar a oração subordinada relativa por uma frase simples, na qual o pronome relativo «o qual» é substituído pelo seu antecedente, obtemos a seguinte frase, na qual se destaca o constituinte que substitui o relativo:

(2) «Não tinham sido aplicadas aos seus colegas quaisquer medidas de suporte à aprendizagem e à inclusão, no âmbito da educação inclusiva.»

A frase simples mostra claramente que o constituinte é introduzido pela preposição a, pelo que, quando este é substituído pelo pronome relativo, esta preposição deverá surgir à cabeça da oração.

Disponha sempre!