Com o sentido de «passar ou mudar de um lugar para outro», devemos utilizar a preposição para. Assim, «... transita para...» Se for com o sentido de «andar, percorrer», emprega-se a preposição em. Ex.: «Hoje não se pode transitar em Lisboa.»

N. E.: Segundo os dicionários gerais de língua, o verbo transitar é usado com os significados e nos contextos que se seguem (pesquisa da consultora Carla Viana):

a) «andar, percorrer, viajar ou passar através de um determinado espaço, percorrendo-o»

Ex.: Transitar na rotunda.

b) «passar ou mudar de um lugar para outro»

Ex.: A sede da empresa transitou de Lisboa para Coimbra.

c) «estar de passagem por determinado lugar»

Ex.: Eles transitaram pelo território ocupado.

No voo de Istambul para Lisboa transitámos em Madrid.

d) «passar ou mudar de uma situação de um estado ou condição para outro»

Ex.: Ele  transitou de tesoureiro para chefe de secção.

e) «ser dado por concluído um processo judicial»

Ex.: O processo já transitou em julgado

f) «passar um aluno para o ano seguinte, transitar de ano lectivo»

Ex.: Todos transitaram para o ano seguinte.

O João transitou do quinto para o sexto ano de escolaridade.

No contexto em referência, ou seja, «transitar de ano lectivo», o verbo transitar rege a preposição para, conforme os exemplos da alínea f), que é uma extensão semântica da alínea b).