O verbo passar, com o significado de «dar ou obter aprovação num exame», pode utilizar-se com a preposição a e também com a preposição em, dependendo do modo como a frase é formulada.

Em relação ao exemplo apresentado:

1— «Passei a Matemática com 13 valores.»
2— «Passei no exame de Matemática com 13 valores.»
 
Conclusão: passamos a uma cadeira, a uma disciplina; passamos no/num exame.

(De acordo com as indicações do Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea, da Academia das Ciências de Lisboa.)