Parece desconhecida a razão dessa pronúncia, que é tida como correta, mas sabe-se que ela é bastante antiga, conforme se dizia Vasco Botelho de Amaral, no Grande Dicionário de Dificuldades e Subtilezas do Idioma Português, de 1958 (mantém-se a ortografia original):

«Obséquio e derivados. Há quem profira afectadamente obcéquio, mas a pronúncia normal determina que o s se leia como z [...] Em certo documento de 1742 [...] vimos que já vem escrito: "Em obzequio de Cezar compunha Virgílio o seu poema..." Evidentemente, a grafa deve ser com s, pois assim exige o latim – obsequiu –, mas aquela escrita revela que a prosódia com z não é recente [...].»