Não parece haver uma resposta satisfatória.

Sabe-se que a forma perco (de cujo radical se formam a flexão do presente do conjuntivo: perca, percas, perca...) não parte, como é evidente, do verbo em latim clássico, mas talvez tenha surgido por analogia, como se defende em nota etimológica do Dicionário Houaiss (s. v. perder):

«latim perdo, is, dĭdi, ditum, ĕre, "perder, deitar a perder, causar a perda de, destruir, arruinar"; a 1.ª pessoa do indicativo presente perco, que não procede diretamente do latim perdeo > arcaico perço, se explica, segundo Williams, pela influência do antigo venco (atual venço), seu antônimo [...].»

Note-se que perdĕo é forma hipotética aceite por Edwin B. Wiliiams¹ para explicar a forma perço do português e do galego medievais.

¹ «Williams» é referência à obra de Edwin B. Williams, Do Latim ao Português, Rio de Janeiro, Tempo Brasileiro, 2001, pág. 233.