De facto, não há assim tantas ocorrências, em português, da sequência ii no interior de uma palavra, como acontece em niilismo. 

A razão para esta ocorrência está na origem da palavra. Neste caso, em concreto, a sequência ii em niilismo deve-se a um hiato, que é produzido pela transposição do latim ao português. Niilismo tem origem no francês nihilisme, que já estava em uso desde 1801 com o mesmo significado e era um derivado do latim nihil, «nada». No aportuguesamento de nihilisme, fez-se a adjunção do sufixo correspondente -ismo. Ora, em português, não há h no interior de vocábulos, «com exceção do seu emprego, como sinal diacrítico, nas combinações ch, lh, nh» (Formulário Ortográfico de 1911). Também o Formulário Ortográfico de 1943 (que vigorou no Brasil até 2009) atesta esta regra.

Um outro caso exemplificativo, em português, é o de xiismo, «ramo do Islão que considera Ali (genro de Maomé) e os seus descendentes como os únicos legítimos sucessores de Maomé, e está muito difundido no Irão e no Iraque». Aqui, a palavra tem origem no árabe chĩ'a, «partido», mas por via do francês chiisme, «xiismo». Neste caso, manteve-se a sequência ii do francês, por ser aceitável em português.

Note-se, ainda, que há formas superlativas de adjetivos em que pode ocorrer a sequência ii: seriíssimo, necessariíssimo – apesar da língua atual preferir seríssimo e necessaríssimo (Celso Cunha e Lindley Cintra, 1984, Nova Gramática do Português Contemporâneo. pág. 260). O mesmo se verifica em diminutivos como feiinho, cheiinho e saiinha – apesar de também serem aceites as formas diminutivas feiozinho, cheinho e saiazinha.