Para responder concretamente à pergunta do consulente, dever-se-ia usar uma vírgula antes da conjunção e apenas no caso de se pretender fazer passar a ideia de que um dos factos apresentados para a aprovação da ata se assume como mais relevante do que o outro. Todavia, sendo ambos os factos considerados igualmente determinantes para a aprovação da ata, deverá manter-se a frase tal como está formulada na pergunta. Segue-se a fundamentação desta resposta.
Na frase apresentada (chamemos-lhe frase A), recorrendo à classificação usada na Gramática do Português (Fundação Calouste Gulbenkian, 2013), temos uma estrutura de coordenação e uma estrutura de subordinação. Há uma oração adverbial participial («Esgotado o prazo destinado a esta fase») e uma oração adverbial gerundiva («não havendo retificação a ser feita na ata») que têm entre si uma relação de coordenação (estabelecida pela conjunção e), formando uma oração composta que, por sua vez, é subordinada à oração principal (toda a sequência)1.
Assim estruturada, a frase diz-nos que alguém deu a ata por aprovada com base em dois factos: o fim de determinado prazo e a inexistência de retificações a fazer. Segundo a gramática consultada (Fundação Calouste Gulbenkian, 2013: 1720), «a coordenação caracteriza-se por formar estruturas em que nenhum dos termos tem um nível hierárquico diferente, encontrando-se todos no mesmo nível da estrutura sintática que os integra», o que faz com que as duas orações coordenadas entre si, a adverbial participial e a adverbial gerundiva, se encontrem no mesmo nível de subordinação relativamente à principal.
Analisemos agora a frase B «Esgotado o prazo destinado a esta fase, e não havendo retificação a ser feita na ata, dou-a por aprovada», em que se inclui uma vírgula antes da conjunção e.
Para tal, devemos começar por trazer à colação o conceito de parataxe: «Em comparação com a hipotaxe, a parataxe caracteriza-se por combinar unidades que apresentam um grau de coesão menor e que não estabelecem entre si relações sintáticas de dependência hierárquica» (Fundação Calouste Gulbenkian, 2013: 1719), incluindo-se nos processos de conexão paratática a coordenação, a suplementação e a justaposição.
A inclusão de uma vírgula antes da conjunção e altera a relação entre as duas orações adverbiais, que passa de coordenação a suplementação2. A suplementação é um processo muito próximo da coordenação que, no entanto, confere aos elementos ligados um grau de independência maior do que a coordenação e faz com que apresentem entre si um grau de coesão menos forte que na coordenação. Assim, os suplementos estão prosodicamente destacados da oração ou do constituinte ao qual se ligam (da sua âncora), o que se assinala na escrita através de vírgulas, travessões ou parênteses. Existem vários tipos de suplementos de âncoras oracionais, entre eles, as orações (coordenadas) parentéticas.
«Tal como na coordenação frásica, as orações parentéticas são introduzidas por uma conjunção; no entanto, distinguem-se por formarem uma unidade autónoma, do ponto de vista prosódico e sintático, em relação à oração-âncora. […] Semanticamente, a oração parentética não tem o mesmo estatuto que a oração-âncora. Esta veicula a informação principal do enunciado, ao passo que a oração parentética constitui um comentário a essa informação» (Fundação Calouste Gulbenkian, 2013: 1719).
De acordo com esta classificação, na frase B, a oração adverbial participial («Esgotado o prazo destinado a esta fase») é uma oração-âncora à qual se liga um suplemento, uma oração parentética (que contém a oração adverbial gerundiva «não havendo retificação a ser feita na ata», introduzida pela conjunção e), ambas incluídas num composto subordinado à oração principal (toda a sequência).
Assumindo-se que, em termos semânticos, a oração parentética não tem o mesmo estatuto que a oração-âncora, a leitura a fazer da frase B é que alguém deu a ata por aprovada com base em dois factos mas que um deles (o fim de determinado prazo) terá sido mais determinante do que o outro (a inexistência de retificações a fazer). Diferentemente, na frase A, ambos os factos serão interpretados como igualmente relevantes para a assunção da aprovação da ata.
1 Ao contrário de algumas gramáticas tradicionais, considera-se que não é correto separar radicalmente a oração subordinante dos elementos a ela subordinados (cf. Fundação Calouste Gulbenkian, 2013: 315-316).
2 Sobre a suplementação, cf. Gramática do Português (Fundação Calouste Gulbenkian, 2013: 1726-1735).