Segundo Celso Cunha e Lindley Cintra (Nova Gramática do Português Contemporâneo, pág. 643), se se colocar à cabeça da oração as conjunções adversativas porém, todavia, contudo, entretanto (com valor adversativo) e a locução conjuntiva no entanto, só se usa vírgula antes da ocorrência de tais palavras:
1) «Pode enviar nova versão, contudo a publicação ficará atrasada.»
Apesar disso, deve observar-se que, ao contrário de mas, o estatuto de conjunção atribuído pela gramática tradicional às outras palavras é discutível e, por isso, Evanildo Bechara (Moderna Gramática Portuguesa, 2003, pág. 322) prefere chamar-lhes advérbios textuais ou discursivos. Em Portugal, o Dicionário Terminológico inclui-os mesmo numa subclasse advérbios, a dos advérbios conectivos. Tendo em conta esse carácter adverbial, é aceitável que porém, todavia, contudo e no entanto surjam entre vírgulas, mesmo no começo de uma oração, situação impossível com mas (o asterisco marca pontuação inaceitável):
2) (a) «Pode enviar nova versão, contudo, a publicação ficará atrasada.»
(b) *«Pode enviar nova versão, mas, a publicação ficará atrasada.»
Se tais advérbios conectivos ocorrerem noutra posição na oração, usam-se sempre entre vírgulas:
3) «Pode enviar nova versão; a publicação, contudo, ficará atrasada.»1
Quanto à sequência «como por exemplo» não há um critério rígido:
4) «Tenho vários passatempos(,) como por exemplo fazer paciências e ver televisão.»
5) «Tenho vários passatempos(,) como, por exemplo, fazer paciências e ver televisão.»
Nas frases 4 e 5, a vírgula que precede como não é obrigatória. Em 5, como fica isolado entre vírgulas, porque por exemplo pode ficar entre vírgulas para se salientar como expressão adverbial (compare-se 4 com 5). Nada há de incorrecto neste uso, porque se permite às vírgulas, além de marcar pausas, indicar também os limites de constituintes frásicos, como é o caso.
1 Antes de mas, porém, todavia, contudo, entretanto e no entanto, pode também empregar-se ponto-e-vírgula e até ponto final (ver Cunha e Cintra, op. cit., pág. 643):
(i) Toda a equipa queria sair mais cedo; todavia(,) uma tarefa de última hora apareceu.
(ii) Toda a equipa queria sair mais cedo, e já havia planos de ir em conjunto a um restaurante da moda. Todavia, uma tarefa de última hora estragou os planos de todos.
Em (ii), dado o carácter adverbial de todavia, acima apontado, é aconselhável uma vírgula.