Ao negar a expressão «ter dúvidas de que» (melhor que «ter dúvidas que»), pode dizer das duas maneiras, que não são totalmente equivalentes:
1 – «De resto, não tenho dúvidas de que a FMUP é uma excelente faculdade.»
2 – «De resto, não tenho dúvidas de que a FMUP seja uma excelente faculdade.»
Em 1, quem enuncia a frase assume inteiramente o valor de verdade da oração completiva «a FMUP é uma excelente faculdade».
Em 2, o enunciador indica mediante o conjuntivo que o conteúdo da oração completiva é uma afirmação feita por outra pessoa.