Claro que devemos usar as siglas correspondentes às designações na língua oficial do país em que vivemos. É nesse espírito que em Portugal se recomenda, por exemplo, OTAN para sigla de Organização do Tratado do Atlântico Norte) e não NATO, que é a sigla de North Atlantic Treaty Organization.
A verdade, porém, é que a sigla correspondente à designação em inglês está generalizada em Portugal.
Nesta globalização em que presentemente vivemos, é preciso atender ao facto de que o inglês é frequentemente a língua franca. Assim, devemos ser tolerantes com as siglas consagradas em inglês. Quando se tiver de usar uma sigla em inglês, recomenda-se que se escreva entre parênteses a designação em inglês correspondente. Se houver também já generalizada designação diferente em português, e só na dúvida de a em inglês poder não ser conhecida, pode-se neste caso acrescentar a portuguesa; ex.: NATO (North Atlantic Treaty Organization: Organização do Tratado do Atlântico Norte).
Cf. A Folha, Boletim da língua portuguesa nas instituições europeias
