As diferenças são diversas. Sem procurar ser exaustivo, cito:
Ortográficas: No Brasil, são suprimidas muitas das consoantes mudas, ainda usuais em Portugal (ex.: facto/fato, óptimo/ótimo, etc.). Nos acentos gráficos há diferenças: - nas proparoxítonas com em, en, om, on (ex.: António/Antônio, etc.); - nalgumas paroxítonas e oxítonas (ex.: bónus/bônus, cocó/cocô, etc.); - nalgumas terminações eia (ex.:ideia/idéia, etc.); - nas terminações oo (ex.: voo/vôo, abençoo/abençôo, etc.); - nos vocábulos com os grupos gu ou qu seguidos de e ou i quando o u é pronunciado (ex.: frequente/freqüente, etc.). Sublinha-se, porém, que na muito grande maioria das regras ortográficas há concordância entre as duas normas. O novo acordo procura ainda atenuar as restantes diferenças.
Sintácticas/Sintáticas: No Brasil há frequentemente/freqüentemente trocas entre ênclise e próclise, em relação ao que é usual em Portugal (ex.: `que se diz´ / `que diz-se´, etc). No Brasil é frequente/freqüente o uso do gerúndio, como em certas regiões de Portugal (ex.: `ficou a saber´ / `ficou sabendo´, etc.).
Prosódia: No falar português há tendência para emudecer as vogais; no Brasil são normalmente bem pronunciadas e abertas. Há pronúncias típicas dos brasileiros, como o som ¦tch¦.
Semântica: Existem muitos termos que só são usados num ou noutro lado do Atlântico (ex.: comboio/trem); ou termos diferentes para um mesmo significado (ex.: barbatana/nadadeira, etc.); ou termos que adquirem conotações especiais em cada um dos países (ex.: rata/boceta, e é preciso muito cuidado neste aspecto, quando o orador está a falar para uma assembleia/assembléia do outro país…).
Ao seu dispor.
Cf. Diferenças lexicais entre duas variedades da língua portuguesa