Dentro dos estudos normativos, existe a seguinte premissa basilar: o uso precede e determina a norma.
Quando se trata de palavras empregadas em registro linguístico formal, é preciso verificar os usos reais das palavras em apreço nesse registro para verificar qual é a frequência das duas, a fim de atestar a norma.
Assim, o Corpus do Português comprova que, no registro formal do português brasileiro, só se usa "pontuar" como sinônimo de "marcar pontos" (num contexto de competição esportiva e quejandos). Somam-se a isso diferentes fontes normativas atualizadas que já registram tal fato linguístico. Por conseguinte, não há razão para desabonar esse uso, tampouco distinguir obrigatoriamente "pontuar" de "pontoar".
Penso que os dicionários tenham de atualizar o verbete "pontoar", sinalizando ser arcaico no português brasileiro contemporâneo e no português europeu, pois sua ocorrência é praticamente inexistente no Corpus do Português.
Sempre às ordens!