É mais apropriado a frase «A percentagem é 6%.» Repare-se que 6% tem a função de nome predicativo do sujeito e deve fazer a concordância com o sujeito. O verbo ser identifica qual é a percentagem e, por isso, esta não faz sentido estar precedida por de. A preposição procede o verbo ser quando se pretende salientar a origem («O rapaz é de Faro») ou quando se deseja referir à substância («O copo é de plástico»), ou pertença («O lápis é do Luís»). 

A utilização frequente da preposição de nestes casos prende-se com o facto de o vocábulo percentagem costumar vir acompanhado de um complemento do nome, que se situa à direita do nome, regido pela preposição de; por exemplo: «A percentagem de alunos...», «A percentagem de 10%...», etc. Tal acontece, também, com os vocábulos média e quantidade: «A média de alunos...», «A quantidade de pessoas...» 

Curioso verificar, num dos exemplos que nos apresentaram, a questão relacionada com a concordância verbal: «Uma percentagem de 30% dos alunos gostaria de estudar no estrangeiro.» Segundo Evanildo Bechara (Moderna Gramática Portuguesa, nova edição revista e ampliada pelo autor, Brasil, Rio de Janeiro, Edição Nova Fronteira, 37.ª edição, 2009), «Nas linguagens modernas em que entram expressões numéricas de percentagem, a tendência é fazer concordar o verbo com o termo preposicionado que especifica a referência numérica:

«Trinta por cento do Brasil assistiu à transmissão dos jogos da Copa.»

«Trinta por cento dos brasileiros assistiram aos jogos da Copa.»

Assim, a frase seria: «Uma percentagem de 30% dos alunos gostariam de estudar no estrangeiro.»