O uso mais corrente será o que inclui a preposição de. No entanto, o uso da preposição com é também possível.
A preposição com pode ser usada com o valor de «(co)presença (de duas entidades)»1. Se atentarmos numa frase como (1), concluímos que o uso da preposição com assinala que as aulas ocorreram durante as «duas semanas»:
(1) «Contabilizei duas semanas com aulas.»
Entre os seus vários valores, a preposição de pode contribuir para assinalar a pertença a um dado tipo. No caso da frase (2), específica o tipo de semanas que estão a ser contabilizadas:
(2) «Contabilizei duas semanas de aulas.»
Por fim, verificamos que uma pesquisa feita num motor de busca nos devolve um número muito superior de usos da construção «semana de aulas». Acresce, ainda, que a construção «semana com aulas» é usada com alguma frequência para especificar o tipo de aulas em questão, como se exemplifica em (3):
(3) «Iniciamos a semana com aulas de meditação.»
Disponha sempre!
1. Raposo e Xavier in Raposo et al., Gramática do Português. Fundação Calouste Gulbenkian, pp. 1548-1550 e 15557-1559.