O adjetivo confortável tem efetivamente como antónimos as formas desconfortável e inconfortável (cf. Dicionário Eletrónico Houaiss, Dicionário da Língua Portuguesa, da Porto Editora, e Dicionário Priberam da Língua Portuguesa). Quer em português europeu quer em português brasileiro, a associação dos prefixos negativos de origem latina des- e in- ao vocábulo confortável veicula a ideia daquilo que «não oferece conforto ou que não é confortável» (ver Dicionário da Língua Portuguesa, da Porto Editora).
De acordo com a Nova Gramática do Português Contemporâneo (Celso Cunha e Lindley Cintra, p. 87), os prefixos des- e in- têm significados diferentes: o primeiro pode referir «separação» ou «ação contrária», e o segundo, «negação» ou «privação»1. Contudo, segundo o Dicionário Houaiss, para além de o prefixo des- significar «separação, afastamento», também indica «oposição, negação, falta». Evanildo Bechara, na sua Moderna Gramática Portuguesa (p. 449, ed. 2009), refere mesmo que o prefixo des- marca «negação, ação contrária, cessação de um ato ou estado, ablação, intensidade» e que deriva de um uso mais popular. Não admira, portanto, que desconfortável seja forma legítima e de uso corrente. Note-se, porém, como já foi disto, que inconfortável, além de palavra bem formada, também se encontra registada em dicionários elaborados no Brasil e em Portugal, muito embora se empregue pouco (cf. desconfortável e inconfortável numa pesquisa no Corpus do Português, de Mark Davies e Michael Ferreira).
1 O prefixo in- também pode indicar a ideia de movimento para dentro, como acontece em ingerir ou imigrar.
