As duas expressões estão corretas. Posso dizer:

a) «A marcação de consultas e tratamentos (de oftalmologia) neste hospital é muito difícil.»

b) «As marcações de consultas e tratamentos (em geral) neste hospital são muito dificeis.»

Em (a), encara-se genericamente ação de marcar. Em (b), tal ação surge como acontecimento que se repete.

No sintagma nominal «marcação(ões) de consultas e tratamentos» o nome marcação mantém a interpretação eventiva (isto é, relacionada com acontecimentos) correspondente à do verbo com o qual está relacionado — neste caso o verbo marcar.¹

¹O nome marcação é claramente um item lexical com propriedades predicativas, isto é, tem, como os verbos, argumentos aos quais atribui papéis temáticos:

a(s) marcação(ões) de consultas e tratamentos
                                (tema)        (tema)