Não consigo datar essa acepção da palavra. Por um lado, o Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado, apenas acolhe a significação de «ter relações com mulher», atestada na Idade Média (séculos XII e XIV)1. Por outro lado, em corpos textuais, torna-se difícil realizar estudos diacrónicos da semântica de palavras obscenas sem soluções de continuidade, visto muitas vezes os textos recolhidos pertencerem a géneros e registos que não admitiam tais vocábulos (a excepção seria a poesia satírica medieval).
Por exemplo, as ocorrências de foder no Corpus de Português, de Mark Davies e Michael Ferreira, provêm todas de textos do século XX e já evidenciam os dois significados, «copular» e «prejudicar». Anote-se que o particípio passado fodido se especializou como adjectivo, designando «que ou o que está perdido, sem saída» e «que ou aquele que está em péssima situação financeira; arruinado» (cf. Dicionário Houaiss; a nota etimológica não dá conta do desenvolvimento destas acepções).
De qualquer modo, o uso do verbo foder na acepção de «prejudicar» encontra paralelos noutras línguas. Lembremos-nos do inglês, língua em que fuck, embora não pareça ter carga obscena tão forte como a do termo equivalente português, significa, além de «copular», «estragar», «prejudicar». Em castelhano, é curioso verificar que joder, verbo cognato de foder, concorre com o verbo follar, ambos aplicáveis tanto a «copular» como a «prejudicar», «estragar» (cf. dicionário da Real Academia Espanhola). Trata-se provavelmente de uma extensão semântica decorrente de concepções agressivas da sexualidade, desde há muito enraizadas nas culturas associadas às línguas em causa.
1 Um outro dicionário consultado, o Dicionário Etimológico Nova Fronteira da Língua Portuguesa, de Antônio Geraldo da Cunha, não regista este verbo.
